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MyProbe

21 octobre 2021

MyProbe : prédire les risques de rechute de cancer du sein

Le projet MyProbe a pour objectif de développer des outils efficaces pour identifier les patientes avec un risque élevé de rechute du cancer du sein, et ainsi réduire l’utilisation de traitements supplémentaires coûteux et lourds pour les patientes avec un risque faible. Ce projet est coordonné par le Pr. Fabrice André, oncologue à Gustave Roussy, Villejuif.

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la Femme. On estime à environ 1,7 million le nombre de femmes atteintes d’un cancer du sein chaque année dans le monde. Dans les pays occidentaux, ce cancer est diagnostiqué à un stade précoce dans la très grande majorité des cas (> 95%). Pour environ 15% des patientes, le cancer va évoluer vers un stade métastatique. Cette situation se traduit par deux défis à relever :

  • Développer de nouveaux médicaments afin de diminuer le risque de rechute,
  • Prédire le risque de rechute afin d’éviter d’administrer des traitements lourds aux patientes qui n’en ont pas besoin.

Ce travail bénéficie d’une aide de l’Etat gérée par l’Agence Nationale de la Recherche au titre du programme d’investissements d’avenir portant la référence ANR-17-RHUS-008

Pour aller plus loin

Les Investissements d’avenir de l’Etat

Ce projet est rendu possible par les collections d’échantillons biologiques constituées dans le cadre des différents essais cliniques promus par la Recherche Unicancer. Toutes les informations sur l’utilisation des données personnelles collectées sont consultables sur le site internet dédié.

Pour aller plus loin

Découvrir le site « mesdonnéesdesanté »

Contexte

Ces dernières décennies ont été marquées par de nombreuses avancées dans le traitement du cancer du sein. En particulier l’amélioration des hormonothérapies ainsi que le développement des chimiothérapies ont permis de diminuer le risque de rechute à environ 15%.

En conséquence, un nouveau besoin a émergé : identifier les patientes qui présentent un risque important de rechute, ou au contraire celles dont le cancer est de bon pronostic.

Ceci doit permettre de :

  • Diminuer le coût de la prise en charge du cancer en évitant la prescription de traitements inutiles et coûteux aux femmes qui n’en n’ont pas besoin.
  • Eviter les toxicités liées au sur-traitement des patientes dont le cancer est de bon pronostic.
  • Accélérer le développement de nouveaux médicaments plus ciblés afin de diminuer le recourt aux chimiothérapies, grâce à l’identification de biomarqueurs biologiques prédictifs de la rechute.

Une première génération de tests appelés “signatures génomiques” a été développée cette dernière décennie. Ces signatures ont permis de grandes avancées dans la compréhension des facteurs de risque de la rechute du cancer, mais présentent un certain nombre de limitations pour leur utilisation dans la prise en charge du cancer.

La première est que ces tests ne sont capables de conclure à un faible risque de rechute que pour une faible proportion des patientes. Ainsi, seules 15% des patientes peuvent réellement en bénéficier pour éviter des traitements inutiles.

La seconde limite est que l’apport de ces tests par rapport au diagnostic réalisé par des anatomo-cyto-pathologistes spécialisés est faible.

Enfin, ces tests ne sont pas performants pour évaluer le risque de rechute chez les patientes ayant eu un traitement préalable par chimiothérapie.

Ainsi, bien que ces tests aient permis une avancée indiscutable dans le domaine de la médecine de précision, ils ne sont pas optimaux pour la prise en charge des patientes et il y a un besoin d’identifier de nouvelles signatures plus précises.

 Objectifs

L’objectif de MyProbe est de développer et valider trois nouveaux tests moléculaires permettant de mieux caractériser le pronostic des cancers du sein précoce :

1. Développer une signature prédictive de la rechute pour les cancers luminaux présentant un risque de rechute élevé.

​Cet objectif s’inscrit dans la continuité des signatures génomiques de première génération et doit permettre d’améliorer l’évaluation du risque de rechute. Ce projet consiste à identifier de nouveaux biomarqueurs prédictifs par des approches de séquençage de l’exome tumoral ainsi que par des techniques d’hybridation génomique comparative (CGH). Deux approches principales sont envisagées pour identifier les biomarqueurs d’intérêt :

  • Rechercher les biomarqueurs associés à un mauvais pronostic en identifiant ceux qui sont le plus souvent modifiés dans les cancers métastatiques.
  • Evaluer l’hétérogénéité des tumeurs afin d’identifier les sous-clones tumoraux résistants aux traitements.

2. Développer un test basé sur l’ADN tumoral circulant.

​Ces dernières années, les techniques de détection de l’ADN circulant ont considérablement évolué. Elles permettent désormais de détecter de très faibles quantités d’ADN relarguées dans la circulation sanguine par les cellules tumorales. Ces techniques ont l’avantage d’être très peu invasives comparé à une biopsie et de permettre un suivi biologique régulier. L’objectif de MyProbe est de développer un test basé sur ces techniques pour identifier les rechutes de façon précoce, avant que la rechute ne soit visible.

Pour aller plus loin

Découvrez les recherches Unicancer sur l’ADN circulant

3. Développement d’une signature de la réponse immunitaire pour les cancers du sein triple négatifs.

​Les cancers triples négatifs sont un sous-type de cancer du sein présentant le plus haut risque de rechute. Il semble toutefois qu’une mobilisation du système immunitaire du patient soit associée à un meilleur pronostic. Ainsi, MyProbe vise à développer une signature prédictive de la rechute spécifique à ces cancers basée sur une mesure de la réponse immunitaire.

Bénéfices attendus

1. Santé publique

​Les économies potentielles pour le système de santé sont potentiellement supérieures à 500 M€ par an en France. Ceci sera possible grâce à une diminution du recours à des traitements inutiles pour les patientes à faible risque de rechute.

2. Valorisation industrielle

​Commercialisation de tests diagnostiques utilisables en diagnostic clinique pour un chiffre d’affaire potentiel estimé entre 15 et 36 M€ / an.

Equipes partenaires

Organisation du projet

Objectif 1 : signature prédictive de la rechute des cancers luminaux

WP1 : Altérations du nombre de copies des gènes ; équipes impliquées :  Institut Curie, Gustave Roussy, Unicancer.

WP2 : Evaluation de l’hétérogénéité intratumorale et identification de sous-clone tumoraux ; équipes impliquées : Institut Curie, Gustave Roussy, Unicancer.

WP3 : Caractérisation des polymorphismes génétiques ; équipes impliquées : Centre Léon Bérard, Unicancer.

WP4 : intégration des résultats des WP1 à 3, développement et validation d’une signature unique ; équipes impliquées :  Gustave Roussy.

Objectif 2 : test de détection précoce de la rechute basé sur l’ADN tumoral circulant

WP5 : détection de la maladie résiduelle sur ADN tumoral circulant ; équipes impliquées : Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier

Objectif 3 : signatures immunitaires des cancers du sein triple négatifs

WP6 : identification et validation des marqueurs moléculaires ; équipes impliquées :  Centre Léon Bérard, HalioDx, Unicancer.

Objectif 4 : coordination du projet, valorisation

WP7 : équipes impliquées : Gustave Roussy, Unicancer.

Composition du comité scientifique

Judith Bliss – ICR – The Institute of Cancer Research – London

Carlos Caldas – CRUK – Cambridge institute – Cambridge

Nancy Lin – Dana-Farber Cancer Institute – Boston

Ann Partridge – Dana-Farber Cancer Institute – Boston

Lajos Pusztai – Yale Cancer Center – New Haven

Mark Robson – MSKCC – New York

Marjanka Schmidt – Netherdlands Cancer Institute – Amsterdam

Eric Winer – Dana-Farber Cancer Institute – Boston

Tony Ng – King’s College – London

Sibylle Loibl – German Breast group – Francfort

Giuseppe Curigliano – ESMO – Milan

Publications

  • Infiltrating Lymphocytes and Prognosis: A Pooled Individual Patient Analysis of Early Stage Triple Negative Breast Cancers.
    S Loi , D Drubay , S Adams, G Pruneri , P.A Francis, M Lacroix Triki, H Joensuu, M.V Dieci , S Badve , S Demaria , R Gray, E Munzone , J Lemonnier, C Sotiriou , MJ Piccart , P L Liisa Kellokumpu Lehtinen , A Vingiani , K Gray, F André, C Denkert , R Salgado, S Michiels.
    Journal of Clinical Oncology, 2019.
    DOI: 10.1200/JCO.18.01010
  • Association between FGFR1 copy numbers, MAP3K1 mutations, and survival in axillary node positive, hormone receptor positive, and HER2 negative early breast cancer in the PACS04 and METABRIC studies.
    D Carene , A Tran Dien , J Lemonnier, F Dalenc, C LevyJ Y Pierga, W Jacot, J L Canon, C Richon , L Lacroix, C Caux, F André, S Michiels.
    Breast Cancer Research and Treatment, 2019.
    DOI: 10.1007/s10549 019 05462 y
  • Prognostic value of tumour infiltrating lymphocytes in patients with early stage triple negative breast cancers (TNBC) who did not receive adjuvant chemotherapy.
    J. H Park, S.F Jonas, G Bataillon, C Criscitiello , R Salgado, S Loi , G Viale , H. J Lee, M. V Dieci , S B Kim, A Vincent Salomon, G Curigliano , F Andre, S Michiels.
    Annals of Oncology, 30: 1941 1949, 2019.
    DOI: 10.1093/ annonc /mdz395

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Adélaïde Brion

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